La Révolution est favorablement accueillie par la bourgeoisie locale, élite éclairée instruite des principes des Lumières. La Sénéchaussée de Quimper adresse trois députés du tiers état aux Etats généraux. Les nouvelles institutions se mettent en place entre janvier et août 1790. Quimper, désigné comme chef-lieu provisoire du département par la Constituante se retrouve également à la tête d'un district et d'un canton de sept communes. Les bureaux du district s'installent dans l'hôtel du Haffond place Médard, ceux du département à l'hôtel de Ploeuc, place Saint-Mathieu. L'ancienne communauté de ville cède le pas à la nouvelle municipalité en novembre 1789. Joseph Le Guillou de Kerincuff, avocat, député aux Etats généraux est élu maire en janvier 1790.
En 1791, un nouveau découpage administratif ampute la commune d'une partie de son territoire. Quimper abandonne ainsi à Ergué-Armel toute une partie de l'ancienne paroisse du Saint-Esprit située à l'est de la ville. Du coté de Kerfeunteun, de nombreux terrains situés au-delà de la place de la Tourbie sont perdus. A l'ouest, Penhars gagne également sur le territoire de Quimper qui conserve cependant la rive droite de Locmaria.
Une grande partie de la population, aux valeurs ancrées dans la tradition, s'éloigne bientôt du nouveau régime et de ses excès. Les raisons en sont multiples : constitution civile du clergé, lutte contre les prêtres réfractaires, déchristianisation violente, conscription, crises de subsistance, dépréciation de la monnaie, etc..... C'est dans ce contexte de radicalisation que les dernières congrégations religieuses sont supprimées en 1792 et que les parents d'émigrés sont placés sous surveillance tandis que le tribunal criminel de Quimper est organisé fin 1792.
Une dizaine de rues et de places jugées suspectes d'aristocratie ou de fanatisme religieux sont débaptisées en novembre 1792. Le 20 mars 1793 la guillotine fonctionne pour la première fois à Quimper. Elle est dressée sur le plateau de la déesse, au pied du mont Frugy. Alain Nédélec, ancien juge de paix et animateur de la révolte fouesnantaise de 1792 en est la première victime. Cinq autres condamnés vont suivre : quatre prêtres réfractaires et une femme.
En octobre 1793, le maire Henri Magnan est destitué pour avoir favorisé la fuite des Girondins réfugiés dans le Finistère. Il est incarcéré jusqu'en octobre 1794. Son successeur, Jacques Thomas Debon connaît le même destin. La Convention montagnarde parisienne veut punir Quimper pour son soutien aux Girondins. La ville perd, au profit de Landerneau, sa place de chef lieu de l'administration départementale pendant une année. Le comité de surveillance rebaptise la ville du nom de Montagne sur Odet, en référence au Frugy qui la surplombe. Les révolutionnaires les plus turbulents, partisans de la Montagne, sont menés par un ancien receveur des finances, le fameux et inquiétant Dagorne. Réunis au sein d'un tout puissant comité révolutionnaire, ils sont à l'origine de nombreuses destructions. Le mois de décembre 1793, voit les excès révolutionnaires se multiplier : autodafé des titres féodaux, saccage de la cathédrale et des églises, brûlis des statues des saints et des reliques. Au paroxysme de la Terreur, vingt-six administrateurs du Finistère jugés à Brest sont exécutés le jour même de leur condamnation, le 22 mai 1794. Parmi eux, figure l'évêque constitutionnel Expilly, soutien malheureux des Girondins proscrits.
Après la chute de Robespierre, la réaction thermidorienne redonne à Quimper la place de chef-lieu du département. La situation politique s'améliore dès l'été 1794 mais la lutte anticléricale reprend de plus belle en 1797. Plus de 170 prêtres sont détenus à la maison d'arrêt de novembre 1797 à novembre 1799. L'assassinat d'Yves Marie Audrein, évêque constitutionnel de Quimper, le 19 novembre 1800, par une troupe de chouans clôt tragiquement cette période.
Au déclin économique de la période révolutionnaire succède avec le Consulat et l'Empire une époque de relative prospérité.
Les guerres opposant l'Empire français à la Grande-Bretagne assurent un essor inattendu mais fragile à l'économie quimpéroise. Le blocus maritime de Brest opéré par les escadres anglaises interdit la navigation vers la cité du ponant. Quimper devient l'entrepôt de la marine et de tout le commerce du Finistère. Outre les centaines de marins embarqués mêlés aux 6 651 habitants que compte la ville en 1800, trois ou quatre cents charrettes, sept ou huit cents charretiers, des dizaines de marchands circulent alors journellement dans la ville aux ruelles tortueuses et encombrées. Le port vit au rythme de l'arrivée des convois ou des bâtiments isolés. Les navires arborent le pavillon français mais aussi ceux des pays neutres, américain, danois, hanséate ou norvégien. De l'actuel Cap Horn jusqu'au pont du Steir, ils encombrent la rivière, parfois amarrés bord à bord, sur trois rangs. Les magasins de la marine deviennent vite insuffisants. Les marchandises de toutes sortes sont stockées à même le sol, le long des quais. L'octroi payé sur les cargaisons assure à la ville des rentrées financières importantes. La paix de 1815 marque la fin de cette intense période d'activité. Dès lors et dans les décennies suivantes, la faible profondeur du port, la création du canal de Nantes à Brest, la hausse des tonnages des caboteurs puis la concurrence du chemin de fer appauvrissent inexorablement le trafic du port de Quimper.
Les Quimpérois avaient applaudi les débuts de la Révolution mais avaient été durablement effrayés par les excès révolutionnaires. Attaché à la sécurité, à la liberté du commerce et au maintien de l'ordre social, ils feront preuve pendant un siècle et demi d'un grand pragmatisme politique. La bourgeoisie à laquelle appartiennent les édiles quimpéroises soutient avec une même constance les régimes successifs, autoritaires ou libéraux qui couvrent le 19ème siècle.