Bien qu'éloignée du théâtre des combats, les répercussions de la guerre sont visibles à Quimper comme ailleurs dès l'ouverture des hostilités. Le casernement des troupes croît considérablement. Neuf hôpitaux militaires temporaires sont ouverts. Plus de 3000 réfugiés du Nord et de Belgique arrivent fin 1914 et début 1915. La ville voit tomber un grand nombre de ses enfants au front. Parmi eux signalons le nom de l'ancien maire, Henri Jacquelin. Cet agrégé de lettres et d'histoire, partisan sincère de la politique pacifiste de Jaurès, s'engage comme simple soldat dès la déclaration de guerre. Il se distingue par son courage lors des batailles de la Somme et du Chemin des Dames. Il est tué en Champagne en septembre 1918.
Pour honorer la mémoire de ses enfants morts pour la France, la ville édifie un mémorial dans l'escalier d'honneur de la mairie. La réalisation des peintures est confiée à Charles Godeby, artiste peintre et conservateur du musée.
Le retour à la paix s'accompagne d'un nouvel essor urbain. De nouveaux lotissements, particulièrement dans les quartiers du palais de justice, de la rue de Salonique et du quai de l'Yser sont créés. Si des lotissements populaires jouxtent les secteurs industriels, comme par exemple la cité ouvrière de l'usine à gaz de la Cie Lebon, des lotissements plus élégants apparaissent à l'exemple du lotissement de la Retraite sur les quais. Une nouvelle génération d'architectes bretons, dont Olier Mordel reste la plus emblématique des figure, voit le jour. Mordrel conçoit et construit des immeubles privés, des bâtiments commerciaux et industriels, d'inspiration bretonne mais utilisant de nouveaux matériaux et axés sur la modernité. La maison du photographe Villard et le garage Renault sur les quais en portent le témoignage. La guerre vient interrompre momentanément cet élan de créativité.
A la suite de la débâcle, le gouvernement de Paul Reynaud prend la décision dans la nuit du 11 au 12 juin 1940 de résister dans ce que l'on baptise bientôt le « réduit breton ». Quimper est alors pressentie pour devenir le chef lieu du gouvernement et conséquemment la capitale provisoire de la France. Le Sénat doit siéger dans le théâtre municipal tandis que la Chambre des députés se réunira au cinéma l'Odet Palace. Il est prévu d'héberger la présidence du Conseil à la préfecture. Les Affaires étrangères devront se satisfaire de l'hôtel de l'Epée. Les ordres sont finalement et rapidement reportés lorsque le gouvernement choisit de se réfugier à Bordeaux.
Les Allemands arrivent et occupent la ville le 18 juin 1940. Si Quimper est épargnée par les bombardements, la population doit supporter les privations et les rationnements. Les sentiments patriotiques s'affirment après l'appel du général de Gaulle. En 1941, des groupes de résistants s'organisent entre autres le réseau Johnny à Kerfeunteun. Les mouvements Libération Nord et Front National s'implantent à leur tour. Près de trois cents patriotes sont incarcérés par les Allemands à la prison de Mesgloaguen puis dans celle Saint-Charles à Kerfeunteun. Pas moins de 123 quimpérois déportés connaîtront les horreurs des camps de concentration tandis que plusieurs familles juives y subiront une fin tragique. La ville n'attend pas l'arrivée des alliés pour se libérer.
A l'annonce du débarquement en Normandie, les résistants finistériens se jettent dans la bataille. Le 3 août, le colonel Berthaud, chef départemental des FFI décide de mener une action sur Quimper pour libérer la ville. Dans les dernières heures de l'occupation de violents combats opposent les Allemands aux résistants. La préfecture est incendiée par les Allemands. Le 8 août 1944, les troupes allemandes évacuent définitivement la ville. En hommage à la Résistance un monument perpétue le souvenir de cette journée, au pied du mont Frugy. Le général de Gaulle effectue une première visite officielle à Quimper le 23 juillet 1945 où il est follement aclamé.