L'assainissement est une compétence de Quimper Bretagne Occidentale. La communauté d'agglomération gère l'ensemble des installations d'assainissement sur les huit communes du territoire, soit cinq stations d'épuration, 79 postes de relèvement et près de 459 km de réseaux.

Le conseil communautaire a confié le 8 octobre 2010, la gestion du service d'assainissement collectif à l'entreprise SAUR France dans le cadre d'une délégation de service public.

Dans le cadre de ce contrat, la SAUR doit assurer le bon fonctionnement des services de l'assainissement collectif. Elle a la charge de l'entretien des réseaux et certaines tâches de renouvellement sur les matériels tournants et branchements. L'ensemble des relations avec la clientèle (demandes de branchement, facturation, gestion des réclamations) est également géré par cette société.

Quimper Bretagne Occidentale conserve la propriété du réseau et assure le renouvellement des canalisations, les extensions de réseau et la modernisation des stations d'épuration.